Suojelualueet
Natura 2000
Jyväskylän alueelle sijoittuu 18 Suomen Natura 2000 -verkostoon kuuluvaa kohdetta. Näistä neljä on enemmän tai vähemmän myös naapurikuntien puolella. Kaupungin puolella Natura-alaa on yhteensä noin 1 946 ha. Kaikki 18 kohdetta on lueteltu alla. Kunkin Natura-kohteen nimestä johtaa linkki valtion ympäristöhallinnon sivulla olevaan alueen tarkempaan esittelyyn.
Sallistensuo - 43 ha (koko ala 69 ha) - keidassuo
Pohjoisjärven metsä - 27 ha - metsää, puustoista suota
Vääräpään lammet ja lähteet - 21 ha - pienvesiä, suoluontoa
Syväojanmäki - 18,6 ha - pienvesiä, suota, metsää
Tervajärvi - 24 ha - tulvajärvi
Eerolanlahti-Rautpohjanlahti - 43 ha - lintuvesialue
Ylistönrinne-Kylmänoron kalliot - 15 ha - lehtoa ja kalliota
Härkösuo - 17 ha - suota
Kanavuori-Koskenvuori- 162 ha - kalliota, metsää
Palstonvuori-Jääskelä - 178 ha - erilaisia metsiä
Iilijärven alue - 146 ha (koko ala 889 ha) - metsäluontoa
Särkijärven metsä-Myllyvuori - 142 ha - vanhaa metsää, suota, pienvesiä
Ristisuo - 52 ha - suota
Vanhaselkä-Ruppavuori - 194 ha (koko ala 306 ha) - kalliometsiä, saaria
Vaarunvuoret - 604 ha - vanhaa metsää, lehtoa, suota, kalliota
Putkilahti - 226 ha - lintukosteikkoja, perinnemaisemaa
Lullinvuori-Kustaanvuori-Härköpohja - 1,3 ha (koko ala 96 ha) - jalavalehto
Kivijärvenvuori-Mäyrämäen lehto - 32 ha - vanhaa metsää.
Natura-alueet koostuvat valtion ja kunnan maanomistusten lisäksi lukuisista yksityismaille perustetuista luonnonsuojelualueista.
Luonnonsuojelualueet
Vanhimmat luonnonsuojelulailla rauhoitetut suojelualueet ovat Jyväskylässä Vaarunvuorten puronvarsilehdon ja jyrkänteen suojelualueet, jotka on rauhoitettu vuosina 1946 ja 1947. Pysyviä luonnonsuojelualueita on Jyväskylässä yhteensä 72 kappaletta ja niiden kokonaispinta-ala on 670 hehtaaria (tilanne 31.12.2018).
Kaupungin omistamat luonnonsuojelualueet (tilanne 31.8.2018) ovat Eerolanlahti-Rautpohjanlahti, Haapasaari, Haukanniemi, Haukkalantien lehto ja lähde, Hämeenlahti, Kuivaniemi, Kärppäkiven lehto, Laajavuoren korpi, Laajavuoren räme, Lammakesuo, Lähdesuo, Pitkäruoho, Riihilampi, Sallaajärven aarnialue, Sarvivuoren purolaakso, Tourujokilaakso, Touruvuoret, Vuoritsalon lehmusmetsä ja Ylistönrinne.
Edellä lueteltujen lisäksi kaupunki on myynyt valtiolle suojelutarkoituksiin Päijänteeltä Vähä-Urtin saaren ja Leppävedeltä Ruokosaaren Mustaniemen ja muutamat muut luonnonsuojelualueet ovat osaksi kaupungin omistamilla kiinteistöillä.
Luonnonsuojelulain suojellut luontotyypit ja erityisesti suojeltavien lajien elinympäristöt
Luonnonsuojelulain 29 § suojeltujen luontotyyppien alueina kaupungin rajojen sisältä on löytynyt tähän mennessä 45 kohdetta. Näiden pienialaisten suojelualueiden yhteinen pinta-ala on 35 ha. Alueet ovat kolmea tervaleppäkorpea lukuun ottamatta lehmusmetsikköjä. Esimerkkinä näistä pikku kohteista mainittakoon kaupungin omistamat kohteet Kinkovuori 0,54 ha, Satasarvinen 0,07 ha, Kontinvuori 1,48 ha, Kärppäkivi 0,81 ha ja Kaunisharju 0,36 ha. Lisäksi kaupungin alueelta on rauhoitettu uhanalaisen lajin elinympäristöinä muutama paikka yhteiseltä pinta-alaltaan 7 ha.
Metsähallituksen suojelumetsät
Osana valtioneuvoston vuonna 2008 hyväksymää Etelä-Suomen metsien monimuotoisuuden toimintaohjelmaa (METSO) Metsähallitus on omalla päätöksellään siirtänyt alueita metsätalouskäytöstä suojelun piiriin. Alueet sijoittuvat pääosin olemassa olevien suojelualueiden läheisyyteen niitä täydentäen.